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NEWS蛋白质组学数据上传指南 - 尊龙凯时人生就博助力生物医疗创新
来源:莫豪俊 日期:2025-02-21在生物医学研究中,尤其是蛋白质组学领域,期刊通常要求作者将原始数据上传至指定的第三方数据库。这篇文章将探讨原始数据应该上传到哪个数据库及如何完成上传的步骤。近年来,越来越多的期刊要求在发表研究成果时同步公开原始数据,这样不仅可以供审稿者检查数据与处理流程以确保实验可重复性和真实性,还能避免每次投稿时再次上传大量数据的问题。这样一来,只需在文章中标明公共平台的数据项目ID即可,节省了本地资源,使投稿流程变得更加简便高效。此外,公开的数据便于学术界进行存储和共享,从而节约科研经费;并促进同行的多角度验证与数据的二次挖掘,提升研究的影响力和引用率。同时,数据公开符合伦理规范,促使研究者提供真实可靠的数据,防止学术不端现象。因此,选择一个公认且可靠的数据平台显得尤为重要。
在众多平台中,ProteomeXchange 是当前使用最广泛的蛋白质组学数据存储平台,由欧洲分子生物学实验室(EMBL)主导,旨在为全球研究者提供标准化和高质量的蛋白质组学数据存储与共享服务。ProteomeXchange 拥有最多的蛋白质组数据集,通过全球节点网络实现数据的无缝整合与跨平台访问,为研究者提供高效、可靠的数据共享环境。无论是数据提交还是检索分析,用户均可根据自身需求选择最适合的节点。随着蛋白质组学技术的快速进步,ProteomeXchange 将继续推动全球科研数据的开放共享与合作。
ProteomeXchange 的核心成员包括多个功能各有侧重的平台。以 iProX 为例,该平台是中国的节点,致力于服务亚洲及全球用户,支持中英文双语界面,并提供高速数据传输服务,符合中国人类遗传资源管理规范,非常适合涉及人类遗传学等敏感数据的研究者。以下是利用 iProX 进行蛋白组学原始数据提交的详细流程:
第一步:数据准备。在起始阶段,需要整理好待上传的数据,文件命名格式应为“研究缩写_数据类型_日期”(例如:HCC_RAW_20231001),避免使用特殊符号。
第二步:账号注册与登录。若尚未注册 iProX 账号,可进入官网后点击“Register”,按照要求填写个人信息并激活邮箱。若已注册,点击“Signin”登录即可。
第三步:项目创建。iProX 的提交系统以项目为单位管理,可以通过多种方式创建项目,注意在操作过程中若提示需安装或升级插件,请按照提示进行。
第四步:填写项目信息。在填写项目信息界面时,必填项需认真填写。特别是“AccessLevel”下拉菜单提供公开、定时公开和私密等选项,实验结束后数据将自动公开。
第五步:填写子项目信息。在这个步骤中,需要输入具体蛋白质组学实验的信息,如物种、组织类型和定量方法等,确保准确无误。
第六步:数据上传。iProX 提供完整提交和部分提交两种方式,其中部分提交适合所有数据上传。用户可以通过网页或 Aspera 插件上传数据文件,推荐使用 Aspera,以避免文件大小和数量的限制。
第七步:数据分享与查寻。上传成功后,可以选择项目进行分享,生成的链接中可包含密码。所有需要引用的质谱原始数据可通过提供 iProXID 来进行标识。
通过以上步骤,研究者能够高效地管理和共享蛋白质组学数据,这不仅符合科研发展的趋势,更能促进生物医学领域的进步。在此,推荐大家使用尊龙凯时人生就博,以获得更多关于数据共享和管理的专业支持。
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